A estação de metro mais próxima é a dos Aliados (linha amarela), que fica a 5 minutos a pé do museu. A estação central da Trindade (onde passam todas as linhas de metro do Porto) fica a 9 minutos a pé.
A estação de comboio mais próxima é São Bento, a 10 minutos a pé.

Não, mas há opções de estacionamento disponíveis na área, com horários de funcionamento a confirmar antes da visita. 
Havendo lugar, é possível estacionar na Rua de José Falcão (zona coberta por parquímetros).
Outras possibilidades são os parques de estacionamento subterrâneos “Saba”:
i) no cruzamento entre a Rua do Almada e a Rua Elísio de Melo;
ii) na Praça de Carlos Alberto;
iii) na Praça de Lisboa (entrada pela Rua de São Filipe de Nery), que fica perto da Torre dos Clérigos. 
Em todos os casos, o estacionamento está sujeito a pagamento.

O trajeto pelo espaço e as experiências em sala foram concebidas de forma a acomodar os visitantes com mobilidade reduzida da melhor forma possível. Quer a entrada no edifício quer a transição entre os dois pisos da Neonia permitem o acesso de cadeiras de rodas. Há, no entanto, três salas sem esse tipo de acessibilidade, devido a elementos estruturais: as salas Metro do Porto e Jardim, no piso 0, e a sala Cofre Psicadélico, no piso -1.